Muzium Labuan dibuka secara rasmi kepada umum pada 8 Oktober 2004 oleh  YB Datuk Seri Utama Dr Rais B. Yatim, Menteri Kebudayaan, Kesenian Dan Warisan pada ketika itu. Bangunan Muzium Labuan dibina pada tahun 1950-an bagi menempatkan Pejabat Pentadbiran Kolonial British pada ketika itu. Selepas tahun 1963, ia menempatkan Pejabat Daerah Labuan dan seterusnya Pejabat Majlis Perbandaran Labuan pada sekitar  tahun 1980-an. Jabatan Muzium Dan Antikuiti ( Jabatan Muzium Malaysia hari ini) mengambil alih dan melaksanakan kerja-kerja konservasi ke atas bangunan ini pada tahun 1999 selepas pengambilalihan daripada Perbadanan Labuan. Pada bulan Ogos 2001, kerja-kerja hiasan dalaman ke atas bangunan dimulakan dan selesai pada Februari 2002.

• Memulihara warisan sejarah dan kebudayaan Wilayah Persekutuan Labuan melalui koleksi, penyelidikan, pendokumentasian dan pameran tetap.
• Menyalurkan kefahaman yang lebih berkesan kepada pelawat-pelawat dari dalam mahupun luar negara tentang perkembangan sejarah dan keharmonian serta kekayaan sejarah dan keharmonian serta kekayaan budaya wilayah persekutuan Labuan khususnya dan negara amnya.
• Memupuk kesedaran dan keprihatinan masyarakat terhadap pentingnya memulihara warisan sejarah dan budaya pelbagai kaum dalam usaha mewujudkan masyarakat harmoni di Labuan.

Galeri Pameran

Pameran di Muzium Labuan mempunyai 2 aras yang mengkhusus kepada tema sejarah dan kebudayaan di WP Labuan. Aras bawah mengkhususkan kepada tema sejarah yang memfokus kepada 8 segmen utama iaitu segmen pengenalan, era pra-sejarah, era pentadbiran British, era perang dunia kedua, era pasca perang, segmen Labuan di bawah pentadbiran Sabah, segmen Personaliti Unggul dan segmen perkembangan Labuan sebagai sebuah Wilayah Persekutuan. Manakala aras atas pula menumpukan tema kebudayaan yang mempamerkan aspek sosio-budaya dan sosio-ekonomi masyarakat tempatan di W.P. Labuan melalui 6 seksyen yang mewakili kaum Melayu-Brunei, Kedayan, Cina, Kadazandusun, India dan Sikh, sekaligus menggambarkan keharmonian masyarakat di pulau ini.

Tarikan utama di aras dua ialah replika rumah suku kaum Kadayan yang memberikan pengalaman kepada pengunjung merasai suasana di dalam rumah tradisional yang berasaskan bahan kayu tulin di samping pelbagai ragamhias dan motif tembaga pelbagai guna yang pernah digunakan di Labuan.

Koleksi

Muzium Labuan mempamerkan sebanyak 707 koleksi yang terdiri daripada artifak sejarah dan etnologi. Koleksi artifak menarik yang terdapat di Muzium Labuan ialah artifak batu atau stone quern zaman neolitik yang ditemui di Pulau Burong. Begitu juga koleksi persenjataan perang dunia seperti senjata pemusnah kapal selam yang dikenali sebagai ‘depth charge’ dan ‘anti submarine projectile’ (ASP). Kedua-dua senjata ini pernah digunakan dengan meluas oleh Tentera Bersekutu untuk memusnahkan kapal selam tentera lawan sekitar perang dunia ke-2. Koleksi berharga lain yang dapat dihayati ialah pen, kerusi dan meja yang pernah digunakan oleh mantan Perdana Menteri Tun Dr. Mahathir B. Mohamed dan mantan Ketua Menteri Sabah, Datuk Harris B. Mohamad Salleh semasa majlis pengisytiharan Labuan sebagai sebuah Wilayah Persekutuan pada 16 April 1984. Pengunjung juga akan dapat melihat koleksi matawang dan setem Labuan yang pernah digunakan semasa zaman kolonial, sebahagiannya telah berusia melebihi seabad.

Koleksi etnologi yang memaparkan alat-alat perekonomian, alatan muzik, senjata dan alat perburuan, pakaian dan peralatan ritual yang digunakan oleh pelbagai kaum di WP Labuan. Apa yang menariknya sebahagian besar bahan-bahan pameran berkenaan boleh disentuh oleh pengunjung. Turut dipamerkan adalah amalan adat budaya seperti perkahwinan yang menggambarkan betapa aspek warisan masih teguh dipertahankan di pulau ini. Pelbagai koleksi tembaga dipamerkan seperti meriam kecil, lengguai, cupu, gabuk, dulang dan seumpamanya yang suatu ketika dahulu pernah dijadikan sebahagian daripada kegunaan harian oleh masyarakat di Labuan khususnya kaum Melayu Brunei dan Kadayan.Begitu juga beberapa koleksi peribadi tokoh-tokoh masyarakat seperti pingat serta anugerah pencapaian yang diterima.