Koleksi
Jabatan Muzium Malaysia menyimpan pelbagai koleksi bagi tujuan pemeliharan, penyelidikan dan pendidikan tentang kepelbagaian artifak dan spesimen signifikan yang terdapat di negara ini. Koleksi

Jabatan Muzium Malaysia meliputi:

1. Koleksi Arkeologi
2. Koleksi Etnologi
3. Koleksi Spesimen Alam Semulajadi

Konservasi
Pusat Konservasi
Pusat Konservasi Jabatan Muzium Malaysia berperanan untuk memastikan bahan-bahan koleksi Jabatan Muzium Malaysia berada dalam keadaan baik dan terpelihara. Matlamat ini direalisasikan melalui kerja-kerja penyelidikan dan konservasi artifak.
 
Fungsi Pusat Konservasi

1. Melaksanakan kerja-kerja penganalisaan, penyelidikan, rawatan dan pemeliharaan koleksi muzium bagi tujuan pameran, simpanan, pendidikan dan dokumentasi
2. Menjalankan kerja-kerja pencegahan kerosakan dan membaikpulih artifak
3. Pemantauan sistem kawalan suhu, kelembapan, pencahayaan dan makluk perosak yang terdapat di dalam stor koleksi dan galeri-galeri muzium
4. Memberikan latihan dan khidmat nasihat mengenai konservasi kepada kakitangan dan agensi berkaitan

Penyelidikan
Penyelidikan adalah salah satu bidang teras dalam perkhidmatan  Jabatan Muzium Malaysia (JMM) yang memainkan  peranan penting ke arah mencapai objektif JMM untuk memelihara, mengekal dan menyebarkan ilmu pengetahuan tentang warisan negara. Penyelidikan yang dijalankan di JMM terdiri daripada penyelidikan sejarah, budaya, alam semula jadi, pameran dan koleksi.  Terdapat 3 jenis penyelidikan yang dijalankan di JMM dan menggunakan perkhidmatan di JMM iaitu penyelidikan yang dilaksanakan oleh kakitangan JMM sendiri, penyelidikan yang dilaksanakan secara kerjasama dengan pihak luar dan penyelidikan yang dijalankan oleh pihak luar untuk JMM.

Bahagian Penyelidikan berperanan mengukuh dan mengembangkan bidang penyelidikan, dokumentasi dan penerbitan bagi memartabatkan fungsi JMM sebagai institusi penyebaran ilmu pengetahuan dalam bidang pameran, koleksi, sejarah, budaya dan alam semula jadi negara.

Pameran
Pameran merupakan peneraju utama Jabatan Muzium Malaysia. Pameran ini terdiri daripada Pameran tetap, Pameran Sementara, Pameran Khas dan Pameran Bergerak (pengembangan sejarah, budaya, warisan dan alam semula jadi). Bahagian Perkhidmatan Muzium merupakan penggerak atau pelaksana utama dalam mencorakkan sesebuah pameran.

Bahagian Perkhidmatan Muzium
Bahagian Perkhidmatan Muzium berperanan memberi khidmat nasihat kepakaran dan perundingan kepada muzium-muzium negeri, agensi-agensi kerajaan dan swasta serta institusi pengajian tinggi dalam pengurusan, penubuhan dan pameran muzium serta merangka dan melaksanakan perkhidmatan pengisian pameran muzium-muzium baru jabatan dan kerja-kerja ubahsuai naik taraf.

Fungsi Bahagian Perkhidmatan Muzium :

1. Memberi khidmat nasihat dan kepakaran kepada agensi-agensi luar dan muzium-muzium lain dalam hal permuziuman (penubuhan muzium, pameran, peragaan artifak dan hal-hal lain yang berkaitan).
2. Merangka dan menyemak reka bentuk pameran di galeri muzium dan membantu pelaksanaannya.
3. Melaksanakan program pengembangan melalui pameran dan pembangunan (R & D) terhadap muzium keseluruhannya.
4. Memantau dan menetapkan piawaian kategori dan taraf muzium di bawah jabatan dan muzium-muzium lain.