Muzium Kota Johor Lama merupakan sebuah muzium yang diletakkan di bawah pentadbiran Jabatan Muzium Malaysia (Wilayah Selatan). Pembinaan muzium ini bermula pada bulan Ogos 2004 dan siap sepenuhnya pada bulan Februari 2007. Muzium ini mula dibuka kepada umum pada bulan Oktober 2007. Rekabentuk bangunan muzium ini bercirikan bentuk rumah tradisional. Muzium ini merupakan satu-satunya muzium yang dibangunkan secara 'insitu' di suatu kawasan yang pernah melakar sejarah penting dalam perkembangan sejarah negara.