Kompleks Sejarah Kota Johor Lama terletak dibawah penyelenggaraan Jabatan Muzium Malaysia (dahulunya dikenali sebagai Jabatan Muzium dan Antikuiti) semenjak tahun 1970.

Kajian-kajian yang dijalankan di Kota Johor Lama adalah seperti:

1. Ekskavasi oleh G.D.G Sieveking, C.A. Gibson Hill dan Wheatley pada tahun 1954.
2. Kajian penulisan oleh I.A. Macgregor iaitu Journal Of The Malayan Branch Royal Asiatic Society pada 1954.
3. Jurnal Warisan Johor pada 1997.
4. Iesnordin bin Hj. Malan - Tapak-tapak Sejarah Johor. Unpublish Report 1994.

Kota Johor Lama terletak di tebing kiri Sungai Johor kira-kira 27 km dari Bandar Kota Tinggi atau kira-kira 30 km dengan jalan darat melalui Jalan Desaru ke Teluk Sengat. Kota ini terletak di kawasan ladang getah atas tebing muara Sungai Johor. Terdapat juga beberapa buah perkampungan Melayu seperti Kampung Teluk Sengat dan Kampung Johor Lama.

Muzium Lukut ini dibina oleh Jabatan Muzium Malaysia (dahulunya dikenali sebagai Jabatan Muzium dan Antikuiti) dengan kerjasama kerajaan Negeri Sembilan Darul Khusus dengan tujuan untuk menyebarkan maklumat dan bukti sejarah mengenai Lukut khususnya.

Ia juga berperanan mengimbas kembali sejarah kegemilangan Lukut serta tokoh-tokohnya dalam peristiwa sejarah negara untuk ditatapi generasi seterusnya. Ia juga menjadi arena menonjolkan elemen-elemen penting pertalian Lukut dengan senario politik di sekelilingnya bagi memperlihatkan fungsi dan kehebatan Kota Lukut sebagai kubu pertahanan yang melambangkan keunikan senibina tamadun Melayu. Selain itu, muzium ini menjadi tempat memelihara dan mengumpul sejarah kebudayaan negara termasuk artifak, dokumen dan monumen serta lain-lain tinggalan Kota Lukut untuk terus dipelihara dan disimpan.